El Dot Blot se puede utilizar como técnica de rastreo para detectar varias secuencias de interés simultáneamente. Algunas de sus aplicaciones son:
-Estudios de expresión génica. En los cuales se detecta ARNm concretos en poblaciones celulares en situación basal y tras estimularlo, en células tumores...
-Detección de secuencias extrañas en muestras biológicas. Como bacterias, virus, parásitos...
-Control de calidad de PCR. en el que se puede comprobar la especificidad, así como aumentar la sensibilidad de la PCR (permitiendo la confirmación de casos dudosos).
-Control de calidad del marcaje sondas. En el que se utiliza como muestra secuencias diana control. También permite calcular la sensibilidad el límite de detección de las sondas marcadas.
-La determinación del sexo en especies sin diferenciaciones fenotípicas.
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